כאשר מחולל החנקן פועל כרגיל וציוד הפרדת האוויר פועל גם הוא כרגיל, יש צורך להעביר את התוכנית למצב אוטומטי. בעת המעבר, יש לשים לב לדברים הבאים.
(1) במהלך פעולתו של סופח המסננת המולקולרית, יש צורך לנטר באופן קבוע את עקומת הטמפרטורה של המסננת המולקולרית ואת תכולת הפחמן הדו חמצני ביציאה כדי לקבוע אם הסופח פועל כראוי.
(2) יש צורך לעקוב מקרוב אחר תוכנית המיתוג של הסופח והאם הפרש לחץ המיתוג תקין. בכל מקרה של תקלה, יש לטפל בה באופן מיידי.
(3) שימו לב היטב אם המקפיא פועל כרגיל. במקרה של תקלה קצרת טווח הגורמת לעלייה בטמפרטורת יציאת האוויר, יש לקצר את מחזור ההחלפה של הסופח בזמן, ולבטל את התקלה במועד.
(4) בעת הגברת מדחס האוויר, זה צריך להיעשות לאט כדי למנוע מהירות אוויר מוגזמת. בעת ניפוח מערכת הטמפרטורה הנמוכה או הוספת עומס למערכת (התנעת הרחבה, פתיחת שסתום המצערת וכדומה), יש לעשות זאת באיטיות כדי למנוע תנודות לחץ במערכת.
(5) כאשר ציוד הפרדת האוויר נעצר, יש לסגור מיד את שסתום האוויר הראשי לאחר הסופח ואת שסתומי המיתוג של מערכת הטיהור כדי למנוע מהירות זרימת אוויר מוגזמת במהלך הפעלה מחדש והשפעה על מצע המסננת המולקולרית. היבט חשוב בניהול סופחי מסננות מולקולריות הוא ניהול "התקן המיתוג".
בדוק את המטהר פעם בשבוע כדי לראות אם הטמפרטורה שצוינה הושגה במהלך תהליך ההתחדשות והקירור, ואם זמן ההחלפה תואם את התקנות. אם יש חריגות, יש לבצע התאמות. לאחר שימוש בסופח במשך שנתיים, יש למדוד את פיצול חלקיקי המסננת המולקולרית. במידת הצורך, הסר את כל הנפות, הסר חלקיקים, נשף בזהירות את הנפות והסר חלקיקים ואבקה שהופקדו עליהם. הוסיפו או החליפו מסננות מולקולריות לפי התקנות, אל תבחרו במסננות מולקולריות לא מזוהות, וודאו ששכבת הספיחה מגיעה לעובי הנקוב.
